Gebaseerd op de klassieke arcadeserie Rainbow Islands, speelt Rainbow Islands Revolution zich opnieuw af op de zogenoemde regenboogeilanden waar Bub en Bob nu in de schaduw staan van een kwaadaardig platenlabel dat het ecosysteem vervuilt met een constante en massaal geproduceerde muzikale zang.
Alleen Bub en Bob hebben de ervaring om het platenlabel en zijn zeven bazen het hoofd te bieden, en banen zo de weg voor een gloednieuw avontuur.
Elk niveau is een eiland dat langzaam in zee zinkt, en de speler moet de top van elk niveau bereiken door op platforms te springen en gebruik te maken van het meest kenmerkende kenmerk van het spel: het vermogen om stevige regenbogen te maken, die zowel als platforms om op te staan als wapens worden gebruikt.
