Risen 2 speelt zich af nadat de Titanen de wereld hebben verwoest door bijna de hele mensheid uit te roeien, en er duikt een nieuwe bedreiging op uit de diepste oceanen. Monsterachtige wezens vallen namelijk alle vormen van scheepvaart aan, waardoor de bewoners hun boten niet kunnen gebruiken.
Het spel begint wanneer de beroemde held zonder naam op missie gaat om een verdwenen schip te zoeken. Onderweg ontmoet hij een oude bekende, Patty, die nog steeds op zoek is naar haar vader. Samen vormen ze een team om op zoek te gaan naar een relikwie die de zeeën kan bevrijden van de dreigingen uit de afgrondelijke diepten die de fantastische wereld van Risen 2 bedreigen.
