Enkele jaren na het einde van Risen hebben woedende reuzen de wereld verwoest en de mensheid tot aan de rand van het bestaan gedreven.
Daarna kwamen monsterachtige wezens uit de diepten van de zee tevoorschijn en hun aanvallen brachten alle scheepvaart tot stilstand.
De held, inmiddels lid van de Inquisitie, wordt gestuurd om te ontdekken hoe een einde kan worden gemaakt aan de chaos veroorzaakt door deze wezens uit de diepten.
Zijn zoektocht begint met geruchten dat de piraten die de zuidelijke eilanden bezoeken de enigen zijn die weten hoe men voorgoed van de wezens af kan komen en een einde kan maken aan hun schrikbewind.
