In de door oorlog verscheurde en vergiftigde atmosfeer van Nu Earth is Rogue Trooper een genetische voetknecht, een lid van een elite-eenheid van kloontroepen met biologische genialiteit, gemaakt om de vijandige atmosfeer van de planeet te weerstaan, zonder belemmeringen in hun strijd tegen de vijand, de Republiek van het Noorden.
Na getuige te zijn geweest van het verraad en de vernietiging van zijn team tijdens het bloedbad van Quartz Zone, is Rogue voortvluchtig geworden, vastbesloten de verrader op te sporen die zijn strijdmakkers naar de dood heeft gestuurd.
Gewapend met de nieuwste experimentele wapens, biedt Rogue’s arsenaal hem een cruciaal voordeel op zijn tegenstanders; bioplaatjes met gecodeerde persoonlijkheden van zijn gesneuvelde kameraden zijn opgeslagen in zijn wapen, helm en rugzak, elk met hun unieke deskundigheid en hulp, waardoor Rogue strategisch een geraffineerde vijand kan slim af zijn.
Het spel is een mengeling van intense actie in de derde persoon en nieuwe generatie sluip-elementen, met een complexe zichtlijn-kunstmatige intelligentie, meerdere speelroutes, een tactisch gebruik van je biologische chipuitrusting en zowel solo- als meerpersoons online spel.
