De Tijdwachters hadden de komst van Flynn en de Skylanders voorzien en zochten hun hulp om te ontdekken waarom de tijd zelf herhaaldelijk achteruit loopt.
Toen de Tijdtoren plotseling de tijd zelf terugdraaide, ontmoette Flynn zijn vroegere zelf en de twee werden meteen vrienden voordat ze terugkeerden naar het heden.
Eenmaal ter plaatse ontdekten de hoofd-tijdwachter en de twee Flynns dat de boze lokale vogel, Cluck, de klokstad had overgenomen met een leger Tijdtrollen nadat hij een nieuw mechanisch pak van hen had gekregen, waardoor de Tijdtoren zijn nieuwe thuis werd.
Ondanks de gevaren rond de Klokstad slaagden de Skylanders erin drie gekleurde tandwielen te bemachtigen uit de oude nesten van Cluck, die nodig waren om de Tijdtoren binnen te gaan en de boze vogel te stoppen.
Eens binnen gingen ze de strijd aan met Cluck in de Kloktoren en versloegen hem, waardoor zijn mechanisch harnas werd vernietigd. Cluck zwoer wraak terwijl hij onhandig uit de Tijdtoren wegvloog.
Terwijl de tijd weer correct werd hersteld, namen de huidige Flynn en de Flynn uit het verleden afscheid en gingen terug naar hun eigen tijdperken, waarbij ze overeenkwamen dat "het heelal maar een beperkt aantal geweldige dingen tegelijk aankon" en dat ze allebei de besten waren.
