Spanky's Quest speelt zich af rond een kleine aap op de Gameboy. Terwijl hij op weg is naar een picknick, wordt Spanky opgesloten in de toren die een heks aan het bouwen is.
Hij moet dan alle verdiepingen beklimmen om te proberen te ontsnappen. Elke verdieping heeft een deur die op slot zit met meerdere sleutels die door vijanden worden bewaakt.
Om ze uit te schakelen, gooit Spanky ballen naar hen door bellen te veranderen die hij op zijn hoofd laat stuiteren. Hoe meer ze stuiteren, hoe groter de ballen worden.