In zijn grootste Game Boy-avontuur neemt Mario het op tegen zijn gemene rivaal Wario, die Mario Land heeft gevangen genomen en het tot zijn privé-speelterrein heeft gemaakt.
Om Wario van zijn onrechtmatige troon te stoten, moet Mario door gloednieuwe werelden reizen op zoek naar de zes gouden munten die de poort van Mario's kasteel openen.
Een menigte monsters, oud en nieuw, probeert hem tegen te houden.
Onderweg, door 6 gebieden, kan Mario krachtige paddenstoelen, supersterren en vuurbloemen verzamelen voor extra kracht. En als hij de magische wortel eet, verandert hij in een vliegende haas.
De batterij slaat je voortgang op in dit grootste Game Boy-avontuur van Mario tot nu toe.
