De agenten van het bureau Gabe Logan en Lian Xing ontdekken dat er een complot is om het dodelijke virus Siphon Filter te verkopen, dat afkomstig is van hun eigen organisatie.
Terwijl ze proberen de samenzweerders aan te klagen en de verkoop te voorkomen, reageert het bureau door de militaire en politiediensten te waarschuwen dat Logan en Xing uitgeschakeld moeten worden...
De twee agenten moeten met dodelijke doeltreffendheid toeslaan. En met de dreiging van een naderende ramp door biologische wapens, ligt het lot van miljoenen mensen in hun handen.