Drie jaar geleden is in het schilderachtige stadje Truth or Consequences een meteoriet neergestort op een gemeenschap in New Mexico, waarbij een onbekende parasiet werd vrijgelaten. Een handvol operateurs van Tom Clancy's Rainbow Six Siege sloot zich samen en wist de mysterieuze parasiet tijdens de eerste uitbraak kennelijk onder controle te houden.
Onverwacht is de Chimera-parasiet plotseling weer opgedoken op verschillende locaties in de Verenigde Staten, dodelijker dan ooit en zich snel verspreidend. Om de parasiet te bewaken en zich voor te bereiden op toekomstige bedreigingen, werd het Rainbow Exogenous Analysis & Containment Team (REACT) opgericht, een hooggespecialiseerde en goed uitgeruste organisatie onder leiding van Eliza "Ash" Cohen, Dr. Elena "Mira" Álvarez en Jordan "Thermite" Trace.
Er is bijna niets bekend over de evolutie van de parasiet, en de door REACT met de hand geselecteerde operateurs zijn de enigen die in staat zijn om de strijd aan te gaan, terug te dringen en meer te weten te komen over deze nieuwe dodelijke dreiging. Jouw opdracht is om het op te nemen tegen de mysterieuze wezens, bekend als Archæns, die nu dodelijker zijn dan ooit.
Het inzetten in de afgebakende zones met de juiste combinatie van hulpmiddelen, uitrusting en samenwerking zal een essentieel onderdeel zijn van het verzamelen van de benodigde informatie om ze te stoppen. Bij elke inval sta je voor de moeilijke keuze om dieper door te dringen of terug te trekken, in de hoop te voorkomen dat de operateurs van je team als vermist worden opgegeven.
Bereid je voor op spannende, uitdagende en vaak onvoorspelbare opdrachten terwijl jij en je team alles riskeren telkens wanneer je de afgebakende zone betreedt.