Drie jaar geleden is in het schilderachtige stadje Truth or Consequences een meteoriet neergestort op een gemeenschap in New Mexico, waarbij een onbekende parasiet werd vrijgelaten.
Een handvol strijders van Tom Clancy's Rainbow Six Siege sloot zich samen en wist de mysterieuze parasiet tijdens de eerste uitbraak onder controle te houden.
Onverwacht is de Chimera-parasiet plotseling op meerdere plaatsen in de Verenigde Staten teruggekeerd, dodelijker dan ooit en zich snel verspreidend.
Om de parasiet in de gaten te houden en zich voor te bereiden op toekomstige bedreigingen, werd het Rainbow Exogenous Analyse & Beheersings Team (REACT) opgericht, een hooggespecialiseerde en goed uitgeruste organisatie onder leiding van Eliza "Ash" Cohen, Dr. Elena "Mira" Álvarez en Jordan "Thermite" Trace.
Er is bijna niets bekend over de evolutie van de parasiet, en de door REACT met de hand geselecteerde strijders zijn de enigen die in staat zijn om deze nieuwe dodelijke bedreiging te bestrijden, terug te dringen en er meer over te leren. Jouw opdracht is om het op te nemen tegen de mysterieuze wezens, bekend als Archæns, die nu dodelijker zijn dan ooit.
Het inzetten in de beheersingszones met de juiste combinatie van werktuigen, uitrusting en samenwerking zal essentieel zijn om de nodige informatie te verzamelen om ze te stoppen. Bij elke inval sta je voor de moeilijke keuze om dieper door te dringen of terug te trekken, in de hoop te voorkomen dat de strijders van je team vermist raken.
Bereid je voor op spannende, uitdagende en vaak onvoorspelbare opdrachten terwijl jij en je team alles riskeren telkens wanneer je de beheersingszone betreedt.