De worstelactie van de WWE keert terug in WWE SmackDown! vs RAW 2006. Het spel bevat nu momentum- en uithoudingsvermogen-systemen om de wedstrijden authentieker te maken en meer strategie te vereisen.
Je kunt spelen via een uitgebreide seizoensmodus die twee volledige seizoenen biedt zonder herhaling van het verhaal.
Het spel biedt ook 100 verschillende wedstrijdtypen, een kleedkamer in 3D en nieuwe worstelaars.