Bionic Commando, voit le retour de Nathan "Rad" Spencer bioniquement amélioré. Le temps n'a pas été tendre avec Spencer.
Dix ans après sa défaite héroïque contre les Impériaux, il est trahi par le gouvernement et condamné à mort pour des crimes qu'il n'a pas commis.
Mais ensuite, des terroristes font exploser une arme expérimentale massive à Ascension City, déclenchant un tremblement de terre intense qui transforme la ville en décombres, anéantit la population et entraîne la grille de défense aérienne de la ville sous le contrôle d'une force terroriste massive.
Il ne reste qu'une seule option, un assaut derrière les lignes par un commando bionique.
