Borderlands 2 raconte l'histoire de quatre nouveaux chasseurs d'Arche qui combattent pour libérer Pandore du joug du Beau Jack, le brillant, charismatique et parfaitement crapuleux directeur d'Hyperion Corporation.
Les joueurs se battront aux quatre coins de Pandore pour tenter d'empêcher Jack de réveiller une ancienne entité extra-terrestre maléfique appelée "le Guerrier".
Leur aventure les mettra en contact avec d'anciennes connaissances du premier jeu, parmi lesquelles ils reconnaîtront les quatre chasseurs d'Arche originaux : Roland, Lilith, Brick et Mordecaï.
Avec leur aide et celle de personnages inédits, ils devront vaincre Jack, détruire le Guerrier et sauver Pandore.