L'Ombre du Kraken est un jeu de déduction à rôles cachés, avec trois factions asymétriques. Tous les joueurs sont peut-être à bord du même navire, mais leurs objectifs divergent ! Les marins loyaux doivent ramener le navire sain et sauf sur le continent, tandis que les pirates rêvent de le mener secrètement dans le Triangle des Bermudes. Pendant ce temps, un fanatique tente de convaincre une partie de l'équipage de l'aider à invoquer leur seigneur des ténèbres, le Kraken, des profondeurs de l'océan pour les sauver tous.
Le but du jeu est de mener le navire à destination, ce qui serait simple si les joueurs n'étaient pas répartis en trois factions. Chaque faction secrète souhaite atteindre une zone différente du plateau. À chaque tour, le navire naviguera dans l'une des trois directions possibles, mais laquelle choisira-t-il ? Le capitaine et son lieutenant étudieront d'anciennes cartes marines et transmettront leurs ordres, souvent contradictoires, au navigateur désigné, qui devra prendre la décision finale. Pendant ce temps, le reste de l'équipage boit du rhum, joue et se raconte des histoires de monstres marins antiques.
Après chaque navigation, le lieutenant et le navigateur quittent leur poste, et le capitaine doit trouver un remplaçant suffisamment lucide. Chacun peut alors discuter du déroulement de la dernière navigation, des responsabilités quant à la route empruntée et de qui devrait prendre les commandes à l'avenir. Convainquez vos ennemis qu'il est dans leur intérêt de vous nommer prochain lieutenant ou navigateur ! Vous pouvez même vous mutiner et prendre le commandement ! Mais combien de temps parviendrez-vous à conserver la confiance de votre équipage ? Une nouvelle mutinerie vous attend peut-être déjà si vos décisions déplaisent à vos camarades.