Quatre ans après Guns of the Patriots, Raiden travaille désormais pour une Société de Sécurité Militaire Privée appelée " Maverick Security Consulting ". Alors que le monde est censé s'être sorti de ses conflits civils, il subit de nouvelles attaques provenant de groupuscules robotisés.
Un puissant cyborg, Sam, parvient même à assassiner le Premier ministre de la République d'Abkhazia. Sam accuse Raiden de n'être qu'un hypocrite assoiffé de sang et tente de l'assassiner à son tour.
Rapidement, une enquête révèle que Sam travail pour une SMP dénommée " Desperado Enterprises " qui a entamé l'invasion de la capitale de la République, où se mêlent les intérêts américano-russes. On demande à la société Maverick Security d'envoyer ses hommes pour permettre une libération sans concession de la capitale. Raiden, alors doté de nouvelles facultés reprend du service et prépare sa revanche?
