C'est vous contre le mal Mother Brain dans la bataille palpitante de Metroid !
Vous êtes à l'intérieur de la planète forteresse Zebes. La planète des passages secrets sans fin où les Metroid se multiplient.
Laissés seuls, les Metroid sont inoffensifs. Mais entre de mauvaises mains, ils pourraient détruire la galaxie. C'est à vous d'empêcher le Cerveau Mère qui contrôle Zebes d'utiliser le Metroid à des fins maléfiques.
Mais ce ne sera pas facile. Vous devrez utiliser votre combinaison spatiale pour absorber une énergie précieuse pour votre recherche afin d'obtenir l'utilisation d'objets puissants tels que le faisceau de glace, le faisceau de vagues, les bottes de saut en hauteur et la Varia.
Si vous survivez, ce sera vous et vos pouvoirs acquis contre le Cerveau Mère.