Project Sylpheed est un shoot'em up. Dans la peau de Katana, l'un des meilleurs pilotes de la flotte terrienne, vous êtes rapidement confronté à votre meilleur ami, Margras, lui aussi guerrier spatial d'exception, passé chez les rebelles après la destruction de sa planète par le rouleau compresseur terrien.
S'ensuivent de nombreuses missions et combats à effectuer dans l'espace, ainsi que plusieurs missions annexes.
