Risen 2 prend place après que les Titans aient dévasté le monde en détruisant quasi totalement l'humanité, une nouvelle menace surgit alors du plus profond des océans. Des créatures monstrueuses attaques en effet toutes formes de navigation, empêchant les habitants d'utiliser leurs bateaux.
Le jeu commence lorsque le fameux héros sans nom part en mission rechercher un navire disparu, en chemin il rencontre une vieille connaissance, Patty, toujours à la recherche de son père. Avec elle, il fera équipe pour partir en quête d'une relique permettant de libérer les mers des menaces issues des profondeurs abyssales qui guette le monde fantastique de Risen 2.
