Bionic Commando, ve el regreso de Nathan "Rad" Spencer mejorado biónicamente. El tiempo no ha sido amable con Spencer.
Diez años después de su derrota heroica contra los Imperiales, es traicionado por el gobierno y condenado a muerte por crímenes que no cometió.
Pero luego, terroristas hacen estallar un arma experimental masiva en Ascension City, provocando un terremoto intenso que convierte la ciudad en escombros, aniquila a la población y pone la red de defensa aérea de la ciudad bajo el control de una fuerza terrorista masiva.
Sólo queda una opción, un asalto tras las líneas enemigas por un comando biónico.
