Mankind Divided tiene lugar inmediatamente después del suceso «Incidente Aug», día en el que los ciudadanos de todo el mundo que habían recibido aumentos mecánicos perdieron el control de sus mentes y cuerpos, causando la muerte de millones de inocentes. Ahora estamos en 2029, y la edad dorada de los aumentos ha terminado.
Los humanos aumentados mecánicamente son considerados marginados y aislados del resto de la sociedad. Los crímenes y actos terroristas sirven para encubrir una conspiración mundial destinada a controlar el futuro de la humanidad.