Unos 20 años después de los acontecimientos descritos en Deus Ex, el mundo apenas comienza a recuperarse de una depresión catastrófica.
Durante este período caótico de recuperación, varias facciones religiosas y políticas ven una oportunidad para remodelar un gobierno mundial según sus planes.
En esta pesadilla tecnológica, participa en la lucha oscura para resucitar al mundo de sus propias cenizas. Con las modificaciones biotecnológicas, obtienes la capacidad de ver a través de las paredes, saltar 12 metros en el aire o regenerar heridas críticas.
Ya prefieras el camino de la violencia o de la no violencia, Deus Ex: Invisible War ofrece múltiples soluciones a los problemas y permite estilos de juego radicalmente diferentes.