Project Origin es un juego de disparos en primera persona que apuesta mucho por su ambiente inquietante y opresivo. Esta secuela de F.E.A.R. comienza justo después de los acontecimientos del primer juego, cuando un equipo de las Fuerzas Especiales realiza una misión rutinaria en Auburn.
La ciudad es repentinamente golpeada por una explosión sobrenatural. Solo hay una explicación posible: Alma está enfadada y esta vez, la niña no perdonará nada a su paso.