Gunpey DS es un juego de rompecabezas. La pantalla de juego se divide en 5 columnas, cada una atravesada por una o varias pequeñas líneas.
El objetivo consiste en mover estos segmentos verticalmente para crear una línea que una los dos bordes del tablero.
Gunpey DS ofrece diferentes modos de juego así como la posibilidad de jugar entre dos, siempre que el otro jugador también tenga un cartucho.