Cuatro años después de Guns of the Patriots, Raiden trabaja ahora para una Compañía de Seguridad Militar Privada llamada "Maverick Security Consulting". Aunque se supone que el mundo ha superado sus conflictos civiles, sufre nuevos ataques de grupos robotizados.
Un poderoso ciborg, Sam, incluso logra asesinar al Primer Ministro de la República de Abjasia. Sam acusa a Raiden de ser solo un hipócrita sediento de sangre y trata de asesinarlo a su vez.
Rápidamente, una investigación revela que Sam trabaja para una CSM llamada "Desperado Enterprises" que ha iniciado la invasión de la capital de la República, donde se entrelazan los intereses estadounidense-rusos. Se pide a la compañía Maverick Security que envíe a sus hombres para permitir una liberación sin concesiones de la capital. Raiden, entonces dotado de nuevas habilidades, vuelve al servicio y prepara su revancha.
