Solid Snake regresa en Metal Gear Solid 2: Substance, la edición ampliada de Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, con modos de juego completamente nuevos, personajes ocultos y escenarios. La tecnología de armas ultrasecretas es misteriosamente transportada bajo la cubierta de un petrolero hacia un destino desconocido. Corresponde a Snake infiltrarse en el transporte y evitar que esta arma mortal de destrucción masiva caiga en malas manos. Tendrás muchas formas de entrenarte, ya que el juego ofrece más de 350 misiones de realidad virtual además de más de 15 misiones alternativas.
