Metroid Prime es un juego de acción en primera persona que te pone en la piel de la famosa cazadora de recompensas, Samus.
Una sustancia desconocida llamada Phazon se estrella en el planeta Tallon IV y destruye la fauna y la flora.
Unos piratas espaciales intentan controlar el Phazon, Samus trata de impedirlo.