Nuevos lugares: Mundo Distorsión: A medida que avanza la historia, los jugadores descubrirán el misterioso nuevo mundo de distorsión, una zona diferente a la vista en un videojuego Pokémon anteriormente.
Las reglas normales del tiempo y el espacio no se aplican en este mundo, permitiendo que la zona supere los límites del mundo del juego Pokémon. Los jugadores saltan entre pedazos de tierra suspendidos en el aire, caminan de lado e incluso al revés.
El mundo de la distorsión, donde reside la poderosa Giratina, está de alguna manera conectado con el mundo Pokémon ordinario. ~ La Frontera de Batalla: La zona Frontera de Batalla (introducida por primera vez en Pokémon Esmeralda) ha sido añadida a Sinnoh, conteniendo cinco nuevas instalaciones de combate para los entrenadores, cada una con sus propias reglas especiales.
Cada instalación es dirigida por uno de los cinco nuevos Cerebros de la Frontera (personajes similares a los líderes de gimnasio). Los nuevos formatos de combate en cada instalación permiten a los jugadores desafiarse de nuevas maneras.
Plaza Wi-Fi: los jugadores pueden explorar la nueva Plaza Wi-Fi, un parque de atracciones virtual Pokémon lleno de actividades, incluyendo tres nuevos minijuegos donde hasta 4 jugadores pueden competir al mismo tiempo.
Hasta 20 jugadores de todo el mundo pueden conectarse juntos en la Plaza Wi-Fi para descubrir juegos, participar en desfiles e incluso ver un espectáculo de fuegos artificiales.
Escenario mejorado: nuevos personajes se suman a la historia, incluyendo a Caronte, un nuevo comandante del malvado equipo Galáctico (que es sospechoso incluso según sus propios estándares) y un detective encubierto, con nombre clave Looker, que está tras la pista del equipo Galáctico.
Looker te ayudará a lo largo de tu aventura. El equipo Galáctico tiene un nuevo plan en el que han puesto su mira en los tres titanes legendarios de Sinnoh: Dialga, Palkia y Giratina (los tres Pokémon aparecen juntos en este juego por primera vez).