Situado en las semanas posteriores a Resistance: Fall of Man, Resistance: Retribution sigue la historia del antiguo soldado británico James Grayson.
Tras una tragedia personal, se ve obligado a matar a su propio hermano dentro de un centro de conversión de Chimeran. Grayson se embarca en una venganza para destruir todos los centros de conversión que pueda encontrar.
Finalmente, Grayson descubre que sus esfuerzos han sido en vano. En Europa occidental, los Quimeras han desarrollado un nuevo método para convertir a los humanos en extraterrestres.
La resistencia europea —el Maquis— solicita la ayuda de Grayson, y él se une a Cartwright y Parker en la operación Overstrike.
La guerra para recuperar el continente europeo ha comenzado.