Risen 2 tiene lugar después de que los Titanes devastaran el mundo destruyendo casi por completo a la humanidad, una nueva amenaza surge entonces desde lo más profundo de los océanos. Criaturas monstruosas atacan de hecho toda forma de navegación, impidiendo que los habitantes usen sus barcos.
El juego comienza cuando el famoso héroe sin nombre parte en misión para buscar un navío desaparecido, en el camino se encuentra con una vieja conocida, Patty, siempre en busca de su padre. Con ella, hará equipo para partir en busca de una reliquia que permita liberar los mares de las amenazas provenientes de las profundidades abisales que acechan el mundo fantástico de Risen 2.
