Los Guardianes del Tiempo habían previsto la llegada de Flynn y los Skylanders, buscando su ayuda para descubrir qué causa que el tiempo mismo retroceda repetidamente.
Cuando la Torre del Tiempo hace que el tiempo retroceda de repente, Flynn se encuentra con su yo del pasado y ambos se hacen amigos de inmediato antes de regresar al presente.
Una vez allí, el guardián principal del tiempo y los dos Flynn descubren que el ave malvada local, Cluck, ha tomado el control de la Villa del Reloj con un ejército de Trols del Tiempo después de haber adquirido una nueva armadura mecánica de ellos, haciendo de la Torre del Tiempo su nuevo hogar.
A pesar de los peligros que rodean la Villa del Reloj, los Skylanders lograron recuperar tres engranajes de colores de los antiguos nidos de Cluck, necesarios para entrar en la Torre del Tiempo y detener al ave maligna.
Una vez dentro, enfrentaron a Cluck en la Torre del Reloj y lo vencieron, destruyendo así su armadura mecánica. Cluck jura vengarse mientras vuela torpemente fuera de la Torre del Tiempo.
Mientras el tiempo se restaura correctamente, el Flynn actual y el Flynn del pasado se separan hacia sus respectivos períodos temporales, acordando que «el universo solo puede soportar cierta cantidad de cosas geniales a la vez» y que ambos son los mejores.
