El mundo de Sonic se sumerge en el Caos cuando una energía desconocida crea grietas temporales, enviando a Sonic y sus amigos al pasado. Allí se encuentra con Sonic Clásico, su doble tal como apareció en 1991.
Sonic Moderno y Sonic Clásico forman entonces una alianza para vencer a este extraño nuevo enemigo y salvar a sus amigos, mientras buscan quién está detrás de este plan diabólico.
A través de tres épocas, recorriendo veinte años de historia de Sonic en videojuegos, Sonic Generations ofrece niveles de juego inmediatamente reconocibles, rehechos en Alta Definición, y que serán jugables tanto en versión clásica —es decir, vista lateral en dos dimensiones— como en 3D, como en las últimas aventuras de Sonic.
Cada encarnación de Sonic en Sonic Generations dispondrá de los movimientos especiales característicos que forjaron su reputación, como el Spin Dash y el Spin Attack para el Sonic Clásico y los Homing Attack y Sonic Boost para el Sonic Moderno.
Un sistema de menús interactivos innovador permitirá una inmersión total en el universo de Sonic, revelando a medida que avanza el juego nuevos personajes y tesoros ocultos.