Bionic Commando, vê o retorno de Nathan "Rad" Spencer com aprimoramentos biônicos. O tempo não foi generoso com Spencer.
Dez anos após sua derrota heroica contra os Imperiais, ele é traído pelo governo e condenado à morte por crimes que não cometeu.
Mas então, terroristas fazem explodir uma arma experimental enorme em Ascension City, desencadeando um terremoto intenso que transforma a cidade em escombros, aniquila a população e coloca a rede de defesa aérea da cidade sob o controle de uma força terrorista poderosa.
Só resta uma opção: um ataque por trás das linhas inimigas por um comando biônico.
