Mankind Divided se passa imediatamente após o evento "Incidente Aug", dia em que os cidadãos do mundo todo que passaram por aumentos mecânicos perderam o controle de suas mentes e corpos, causando a morte de milhões de inocentes.
Estamos agora em 2029, e a era de ouro dos aumentos chegou ao fim. Os humanos com aumentos mecânicos são vistos como marginalizados e isolados do restante da sociedade.
Os crimes e atos terroristas servem para encobrir uma conspiração mundial que visa controlar o futuro da humanidade.