Mankind Divided se passa imediatamente após o evento "Incidente Aug", dia em que cidadãos de todo o mundo que passaram por aumentos mecânicos perderam o controle de suas mentes e corpos, causando a morte de milhões de inocentes. Agora estamos em 2029, e a era de ouro dos aumentos chegou ao fim.
Os humanos com aumentos mecânicos são considerados marginalizados e isolados do restante da sociedade. Crimes e atos terroristas servem para disfarçar uma conspiração global que visa controlar o futuro da humanidade.