Cerca de 20 anos após os eventos descritos em Deus Ex, o mundo começa a se recuperar de uma depressão catastrófica.
Durante esse período caótico de recuperação, várias facções religiosas e políticas veem uma oportunidade de remodelar um governo mundial conforme suas agendas.
Neste pesadelo tecnológico, participe da luta sombria para ressuscitar o mundo de suas próprias cinzas. Com as modificações biotecnológicas, você ganha a capacidade de enxergar através das paredes, saltar até 12 metros no ar ou regenerar ferimentos críticos.
Seja qual for sua preferência, o caminho da violência ou da não violência, Deus Ex: Invisible War oferece múltiplas soluções para os problemas e permite estilos de jogo radicalmente diferentes.