Ecco: As Marés do Tempo é a continuação da primeira aventura do corajoso golfinho. O oceano está ameaçado pela Rainha do Vórtice e o curso do tempo foi dividido em dois futuros, um normal e outro onde reinam as trevas instauradas pela Rainha.
Sua tarefa é, obviamente, restaurar o futuro mais agradável. A possibilidade de se transformar em águas-vivas ou em pequenos peixes de cardume para passar despercebido foi adicionada.