Project Origin é um jogo de tiro em primeira pessoa que aposta muito em sua atmosfera inquietante e opressiva. Esta sequência de F.E.A.R. começa logo após os eventos do primeiro jogo, quando uma equipe das Forças Especiais realiza uma missão de rotina em Auburn.
A cidade é subitamente atingida por uma explosão sobrenatural. Há apenas uma explicação possível: Alma está furiosa e, desta vez, a menina não poupará nada em seu caminho.