Em um futuro próximo, criaturas desconhecidas que "assimilaram" todas as formas de vida, chamadas Aragamis, forçaram a humanidade a se esconder para sobreviver. Uma última esperança foi depositada em alguns indivíduos destemidos chamados "Devoradores de Deus", que têm a capacidade de reagir contra o inimigo usando a arma biológica "Arma Divina" desenvolvida pela empresa de bioquímica "Fenrir".
No entanto, uma nova ameaça surgiu quando as "Terras de Cinzas", uma nova partícula flutuando no ar, se desenvolveu e transformou toda estrutura em cinzas. Nenhuma filial da Fenrir conseguiu resistir à invasão das "Terras de Cinzas", levando ao colapso de todo o sistema.
Para sobreviver a essa ameaça, os sobreviventes construíram bases subterrâneas, chamadas "FORT", em locais escondidos. Eles também criaram uma nova geração de soldados chamada "Devoradores de Deus Adaptativos" ou "GEA", que apresentam grande resistência às "Terras de Cinzas" e continuam lutando pelo futuro da Humanidade.
