Gunpey DS é um jogo de quebra-cabeça. A tela de jogo é dividida em 5 colunas, cada uma atravessada por um ou mais pequenos traços.
O objetivo da jogada é mover esses segmentos verticalmente para criar uma linha que una as duas bordas do quadro.
Gunpey DS oferece diferentes modos de jogo, assim como a possibilidade de jogar em dupla, desde que o outro jogador também tenha um cartucho.