Mario & Luigi mostram sua força intestinal: em seu plano maligno para tomar o controle do reino dos cogumelos, Fawful engana Bowser fazendo-o comer um cogumelo mágico.
O cogumelo faz com que Bowser comece a inalar tudo ao seu redor, incluindo Mario, Luigi e a princesa Peach. Os irmãos Mario terão coragem para salvar Peach e escapar?
Características do jogo:
os jogadores controlam duas histórias distintas. Uma representa Bowser e seus esforços para impedir que um vilão arqueano tome o controle de seu castelo.
Paralelamente, dentro de Bowser, os Mario & Luigi do tamanho de um micro-organismo precisam abrir caminho através dos desafios e manter a calma se quiserem encontrar uma forma de sair.
Eles tomam medidas para controlar Bowser por dentro, mas sem que ele perceba. Os jogadores podem alternar entre as histórias à vontade.
O que acontece dentro de Bowser afeta o que ele faz por fora. Às vezes, Mario & Luigi precisam resolver enigmas e desafios nos bastidores para ajudar Bowser a superar vários obstáculos e avançar na trama.
Os jogadores devem apertar os botões no momento certo para melhorar seu desempenho durante as batalhas e desafios.
Em algumas batalhas, Bowser fica tão grande que os jogadores precisam girar seu sistema Nintendo DS ou Nintendo DSi, soprar no microfone ou tocar na tela sensível ao toque com a caneta para acompanhar a ação.
O jogo apresenta o mesmo diálogo engraçado que se tornou a marca registrada da série Mario & Luigi.