Quatro anos após Guns of the Patriots, Raiden agora trabalha para uma Empresa de Segurança Militar Privada chamada "Maverick Security Consulting". Enquanto o mundo supostamente superou seus conflitos civis, ele sofre novos ataques de grupos robotizados.
Um poderoso ciborgue, Sam, consegue até assassinar o Primeiro-Ministro da República da Abecásia. Sam acusa Raiden de ser apenas um hipócrita sedento de sangue e tenta assassiná-lo em troca.
Rapidamente, uma investigação revela que Sam trabalha para uma ESM chamada "Desperado Enterprises", que iniciou a invasão da capital da República, onde se misturam interesses americano-russos. A empresa Maverick Security é solicitada a enviar seus homens para permitir uma libertação sem concessões da capital. Raiden, então dotado de novas habilidades, volta ao serviço e prepara sua vingança?
