Um dia fatídico, um asteroide colide com o SS Dolphin e o lança em uma perigosa espiral. Por sorte, o capitão Olimar, único membro da tripulação a bordo, sobrevive ao impacto, mas fica preso em um planeta desconhecido, sem nenhum meio de voltar para casa. É hora de começar a trabalhar!
A missão: encontrar as peças faltantes da nave e sair do planeta. Se alguém pode conseguir isso, é o capitão Olimar! Mas o tempo é curto devido à atmosfera tóxica do planeta, e encontrar 30 peças em 30 dias é uma tarefa colossal para um só homem. Felizmente, Olimar não está sozinho nesta aventura…
Os Pikmin são a chave do sucesso! Use a força combinada deles para destruir obstáculos, construir pontes, transportar peças da nave e eliminar criaturas famintas. Basta lançá-los nos objetos e assistir ao trabalho deles! Você pode comandar até 100 Pikmin ao mesmo tempo, mas pode manter mais em segurança na sua base para substituí-los.
Cada tipo de Pikmin tem suas próprias habilidades: os Pikmin vermelhos são fortes em combate e imunes ao fogo, os Pikmin amarelos podem ser lançados mais alto e usar pedras explosivas, e os Pikmin azuis podem respirar debaixo d’água. Aproveite esses talentos únicos para explorar o planeta e consertar a nave do Olimar!