Novos locais: Mundo da Distorção: À medida que a história se desenrola, os jogadores encontrarão o misterioso novo mundo da distorção, uma área diferente da vista em um jogo de Pokémon anteriormente.
As regras normais do tempo e do espaço não se aplicam a este mundo, permitindo que a área ultrapasse os limites do mundo do jogo Pokémon. Os jogadores saltam de pedaços de terra suspensos no ar, caminham de lado e até de cabeça para baixo.
O mundo da distorção, onde reside a poderosa Giratina, está de certa forma conectado ao mundo Pokémon comum. ~ A Fronteira de Batalha: A área Fronteira de Batalha (introduzida pela primeira vez em Pokémon Esmeralda) foi adicionada a Sinnoh, contendo cinco novas instalações de combate para os treinadores, cada uma com suas próprias regras especiais.
Cada instalação é gerida por um dos cinco novos Líderes da Fronteira (personagens semelhantes aos líderes de ginásio). Os novos formatos de combate em cada instalação permitem que os jogadores se desafiem de novas maneiras.
Praça Wi-Fi: os jogadores podem explorar a nova Praça Wi-Fi, um parque de diversões virtual Pokémon cheio de atividades, incluindo três novos minijogos onde até 4 jogadores podem competir ao mesmo tempo.
Até 20 jogadores do mundo todo podem se conectar juntos na Praça Wi-Fi para descobrir jogos, participar de desfiles e até assistir a um show de fogos de artifício.
Enredo aprimorado: novos personagens são adicionados à história, incluindo Charon, um novo comandante da maligna equipe galáctica (que é suspeito mesmo segundo seus próprios padrões) e um detetive infiltrado, codinome Looker, que está atrás da equipe Galáctica.
Looker ajudará você ao longo de sua aventura. A equipe Galáctica tem um novo plano e voltou sua atenção para os três titãs lendários de Sinnoh: Dialga, Palkia e Giratina (os três Pokémon aparecem juntos neste jogo pela primeira vez).