Project Sylpheed é um jogo de tiro. Na pele de Katana, um dos melhores pilotos da frota terrestre, você logo se vê confrontado com seu melhor amigo, Margras, também um guerreiro espacial excepcional, que se juntou aos rebeldes após a destruição de seu planeta pelo avanço implacável dos terrestres.
Seguem-se muitas missões e combates a serem realizados no espaço, assim como várias missões secundárias.
