Baseado na clássica série de fliperama Rainbow Islands, Rainbow Islands Revolution se passa mais uma vez nas supostas ilhas arco-íris, onde Bub e Bob agora estão à sombra de uma gravadora maligna que polui o ecossistema com um canto musical constante e produzido em massa.
Apenas Bub e Bob têm a experiência para enfrentar a gravadora e seus sete chefes, abrindo caminho para uma aventura totalmente nova.
Cada nível é uma ilha que afunda lentamente no mar, e o jogador deve alcançar o topo de cada nível, pulando em plataformas e usando a característica mais marcante do jogo: a capacidade de criar arcos-íris sólidos, que são usados tanto como plataformas para ficar em pé quanto como arma.