Risen 2 se passa depois que os Titãs devastaram o mundo, destruindo quase toda a humanidade, e uma nova ameaça surge das profundezas dos oceanos. Criaturas monstruosas atacam todas as formas de navegação, impedindo os habitantes de usarem seus barcos.
O jogo começa quando o famoso herói sem nome parte em missão para buscar um navio desaparecido; no caminho, ele encontra uma velha conhecida, Patty, que ainda procura seu pai. Com ela, ele formará uma equipe para partir em busca de uma relíquia que permitirá libertar os mares das ameaças vindas das profundezas abissais que ameaçam o mundo fantástico de Risen 2.
