Na atmosfera envenenada e dilacerada pela guerra de Nu Earth, Rogue Trooper é um soldado genético, parte de uma esquadra de elite de tropas clonadas biologicamente projetadas, criadas para vencer a atmosfera hostil do planeta, sem impedimentos em sua luta contra o inimigo, a República do Norte.
Após testemunhar a traição e o aniquilamento de sua equipe durante o massacre da zona de quartzo, Rogue tornou-se desertor, determinado a rastrear o traidor que enviou seus irmãos de armas à morte. Armado com as últimas armas experimentais, o arsenal de Rogue lhe oferece uma vantagem crítica sobre seus adversários;
Biocircuitos codificados contendo as personalidades digitalizadas de seus camaradas caídos em combate estão armazenados em sua arma, seu capacete e sua mochila, cada um oferecendo sua expertise e assistência únicas, permitindo que Rogue engane estrategicamente um inimigo sofisticado.
O jogo é uma mistura de ações intensas em terceira pessoa e elementos furtivos de nova geração, com uma inteligência artificial complexa em foco, vários caminhos de jogo, uso tático completo do seu equipamento explorado por biocircuitos e jogabilidade online tanto solo quanto multijogador.
