Na atmosfera dilacerada pela guerra e envenenada de Nu Earth, Rogue Trooper é um soldado genético, um de um esquadrão de elite de tropas clonadas de engenharia biológica, criado para superar a atmosfera hostil do planeta, sem impedimentos em sua luta contra o inimigo, a República do Norte.
Após testemunhar a traição e o aniquilamento de sua equipe durante o massacre da Zona Quartz, Rogue tornou-se desertor, determinado a perseguir o traidor que enviou seus irmãos de armas à morte.
Armado com as mais recentes armas experimentais, o arsenal de Rogue lhe oferece uma vantagem crítica sobre seus adversários; biopchips codificados contendo as personalidades digitalizadas de seus camaradas caídos estão armazenados em sua arma, seu capacete e sua mochila, cada um oferecendo sua expertise e assistência únicas, permitindo que Rogue engane estrategicamente um inimigo sofisticado.
O jogo é uma mistura de ação intensa em terceira pessoa e elementos de furtividade de nova geração, com uma inteligência artificial complexa em linha de visão, múltiplos caminhos de jogo, uso tático completo do seu equipamento com chip biológico e jogabilidade online tanto solo quanto multijogador.
