Shadow the Hedgehog é um jogo de ação e plataforma que foca neste personagem pouco conhecido do universo de Sonic, criado originalmente pelo professor Robotnik.
Um exército de extraterrestres invade a Terra. O líder, Black Doom, parece conhecê-lo bem e ordena que você recupere as Esmeraldas do Caos.
O que você vai fazer? Apoiar a causa dos humanos? Obedecer a Black Doom? Guardar as esmeraldas para si?