Os Guardiões do Tempo previram a chegada de Flynn e dos Skylanders, buscando sua ajuda para descobrir o motivo pelo qual o próprio tempo retrocede repetidamente.
Quando a Torre do Tempo faz o tempo retroceder de repente, Flynn encontra seu eu do passado e os dois se tornam amigos imediatamente antes de voltarem ao presente.
Ao chegarem, o guardião principal do tempo e os dois Flynn descobrem que o pássaro malvado local, Cluck, tomou o controle da Cidade do Relógio com um exército de Trolls do Tempo após adquirir uma nova armadura mecânica deles, fazendo da Torre do Tempo sua nova morada.
Apesar dos perigos que cercam a Vila do Relógio, os Skylanders conseguiram recuperar três engrenagens coloridas dos antigos ninhos de Cluck, necessárias para entrar na Torre do Tempo e deter o pássaro maligno.
Uma vez dentro, eles enfrentaram Cluck na Torre do Relógio e o derrotaram, destruindo sua armadura mecânica. Cluck jura vingança enquanto voa desajeitadamente para fora da Torre do Tempo.
Com o tempo devidamente restaurado, o Flynn atual e o Flynn do passado se separam para suas respectivas épocas, concordando que “o universo só pode suportar um certo número de coisas incríveis ao mesmo tempo” e que ambos são os melhores.
